Kebutuhan bahan untuk pembangunan jalan tol dengan jumlah yang signifikan tersebut mengharuskan meningkatnya permintaan sumber daya alam yang digunakan sebagai material jalan tol. Guna mempermudah mendapat material pemerintah pusat tidak mengharuskan penambang mempunyai Izin Usaha Pertambangan (IUP) dan digantikan dengan Surat Izin Pertambangan Batuan (SIPB). Meskipun begitu banyak muncul penambang-penambang liar yang tidak mempunyai SIPB. Padahal berdasarkan pasal 35 ayat (3) huruf e Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2020 tentang Perubahan atas Undang-Undang Nomor 4 Tahun 2009 tentang pertambangan Mineral dan Batubara, SIPB merupakan syarat suatu badan usaha atau perseorangan melakukan aktivitas pertambangan. Pertambangan untuk tanah urug, pasir, batu dan bahan tambang lain yang digunakan untuk membangun tol.

Menurut data yang dihimpun WALHI Yogyakarta terdapat beberapa titik penambangan ilegal seperti 13 titik di Kulonprogo, 7 titik di kabupaten Bantul, 4 titik di Kabupaten Sleman, 1 Titik di Kota Yogyakarta, dan 2 titik di Kabupaten Gunung Kidul. Pertambangan untuk material tol Pertambangan liar semakin masif karena pemrakarsa Tol Yogyakarta-Solo seperti PT. Adhikarya menerima hasil pertambangan liar. Seharusnya pihak pemrakarsa harus lebih ketat dalam menerima material yang digunakan untuk pembangunan jalan tol. Pertambangan liar akan semakin masif jika material-material hasil pertambangan tidak berizin tersebut tetap diterima.  Pertambangan liar yang semakin masif apabila diteruskan akan berdampak pada degradasi lingkungan seperti penurunan muka air tanah yang berdampak pada krisis air bersih pada masyarakat, bencana longsor akibat hilangnya daya dukung lingkungan, dan banjir karena hilangnya daya tampung lingkungan.

“Kawasan lindung geologi (LGE) sebagaimana dimaksud dalam pasal 23 huruf d berupa kawasan cagar alam geologi (CAG) seluas kurang lebih 24 hektar yang salah satunya terdiri dari kompleks Perbukitan intrusi Godean di Kelurahan Sidorejo dan Kelurahan Sidoluhur, Kapanewon Godean”.

Perda Sleman tersebut telah dilanggar dengan ditemukannya oleh tim WALHI Yogyakarta bahwa di kelurahan Sidorejo telah terdapat aktivitas pertambangan. Penemuan tersebut menunjukkan bahwa pertambangan yang mengakibatkan perubahan struktur perbukitan intrusi telah melanggar pada ketentuan pasal 27 Perda Sleman Nomor 13 tahun 2021 pada huruf d. 

Wilayah Godean menjadi salah satu contoh dari rusaknya lingkungan akibat pertambangan guna menunjang pembangunan tol Yogyakarta-Solo. Hasil kajian WALHI Yogyakarta menunjukkan pertambangan mengakibatkan kawasan lindung geologi yang seharusnya dilindungi menjadi rusak akibat aktivitas pertambangan. Kedua, terdapat perubahan struktur akibat aktivitas tambang seperti di kawasan cagar alam geologi di Godean, kemunculan penambang-penambang liar yang tidak mempunyai Surat izin Penambang Batuan (SIPB).

Hasil-hasil temuan tersebut menunjukkan bahwa terdapat dua permasalahan utama dalam pembangunan tol Yogyakarta-Solo. Pertama, adalah masifnya pertambangan liar.